W scenie, gdy Mercedes biegnie przez las, aby uciec żołnierzom, gęstość i kolor krwi na jej twarzy ulegają zmianie pomiędzy ujęciami.
Gdy Ofelia po raz pierwszy udaje się do labiryntu i rozmawia z Faunem, rzucany przez niego cień wciąż ukazuje nogi Douga Jonesa będące na szczudłach. Ekipa od efektów specjalnych "wycięła" jedynie jego fizyczne nogi, zapominając o wspomnianym powyżej cieniu.
Po zakończeniu finałowej potyczki pomiędzy partyzantami a frankistowskimi żołnierzami, jeden z koni - kłusem - przebiega z prawej na lewą stronę ekranu. Błąd polega na tym, że (przez pomyłkę) podłożono pod niego odgłosy kopyt konia w galopie (1,2,3-1,2,3), zamiast kłusującego (1,2-1,2).
Film był kręcony w El Espinar, w Segovii oraz w Madrycie, w górach Sierra de Guadarrama (Hiszpania).
Na Festiwalu Filmowym w Cannes film dostał 22 minutowy aplauz.
Doug Jones grający Fauna był jedynym Amerykaninem na planie i jednocześnie jedyną osobą nieznającą hiszpańskiego.
Doug Jones musiał uczyć się na pamięć tekstu po hiszpańsku, choć nie zna tego języka. Ponadto musiał zapamiętać to co mówiła Ofelia, bo kiedy mechanizm ukryty w jego kostiumie poruszał uszami zagłuszał dialogi.
Amerykańscy krytycy internetowi za najlepszy film zagraniczny 2006 roku uznali "Labirynt fauna".
RottenTomatoes.com, internetowy serwis, który zajmuje się zbieraniem filmowych recenzji publikowanych we wszystkich mediach przyznał Złotego Pomidora dla filmu "Labirynt Fauna" w kategorii Film Zagraniczny.
Ruiny widoczne w pierwszej sekwencji to w rzeczywistości miasto Blechite, użyte wcześniej przez Terry'ego Gilliama w filmie "Przygody barona Munchausena".
Blechite zostało zniszczone podczas wojny domowej i nigdy nie zostało odbudowane.
W 2007 roku film ten, jako pierwszy w historii z gatunku fantasy, został nominowany do Oscara w kategorii Najlepszy Film Obcojęzyczny.
Film został zakazany w Malezji przez tamtejszą Radę Cenzorską z powodu zbyt brutalnych scen.
Nogi Fauna nie zostały wygenerowane komputerowo. Guillermo del Toro skonstruował specjalny system, dzięki któremu nogi aktora mogły "udawać" nogi Fauna, a potem były komputerowo retuszowane.
Oryginalny scenariusz był napisany dla 8 lub 9-latki, jednak del Toro był tak zachwycony grą Ivany Boquero, że wprowadził poprawki i główną bohaterką uczynił jedenastolatkę.
Po pierwszym tygodniu wyświetlania filmu w Meksyku, nad plakatami promującymi musiano zacząć umieszczać ostrzeżenie, że zawiera on drastyczne sceny. Zabieg ten spowodowany był tym, że wielu rodziców (nieświadomie) zabierało do kina dzieci.
Jadąc kiedyś taksówką, Guillermo del Toro zostawił na tylnym siedzeniu wieloletnie notatki, które w przyszłości miały przyczynić się do powstania "Labiryntu fauna". Zdesperowany tym faktem, myślał nawet o zrezygnowaniu z jego nakręcenia. Na szczęście, czujny kierowca zdał sobie sprawę z wagi owych zapisków, dlatego zdecydował się odnaleźć reżysera i zwrócić mu je. Del Toro uznał taki obrót zdarzeń za dobrą monetę i za wszelką cenę chciał doprowadzić ten projekt do końca.
Reżyser na zrealizowanie ''Labiryntu fauna'' potrzebował aż 2 lat. Same przygotowania do produkcji obrazu trwały rok. Ostatecznie zdjęcia nakręcono przez 4 miesiące, natomiast postprodukcja zajęła twórcom 6 miesięcy.
Inspiracją do nakręcenia ''Labiryntu fauna'' przez Guillermo del Toro, była literatura i malarstwo (tak samo jak we wcześniejszych filmach).
Inspiracji do filmu dostarczyły reżyserowi obrazy Francisco Goyi tzn. czarne malowidła, dzieła niepozbawione makabry. Na przykład postać Pale Mana była zainspirowana obrazem przedstawiającym Saturna pożerającego swojego syna. Ważnym źródłem natchnienia były także prace Arthura Rackhama, rysownika symbolisty.
Początkowa koncepcja wyglądu bladego stwora (autorstwa reżysera Guillermo del Toro) przypominała szkielet okryty wiszącą skórą, lecz gdy David Marti zaprojektował jego głowę, reżyser zmienił swoją koncepcję na tą, która ostatecznie została wykorzystana w filmie (bezkształtna głowa ze szczeliną zamiast ust, nozdrza zamiast oczu, oraz oczy jak stygmaty umieszczone na dłoniach).
Jednym ze specjalistów od tworzenia efektów specjalnych jest Polak, Grzegorz Jonkajtys.
Jak wspomina Doug Jones, propozycja zagrania w "Labiryncie fauna" dotarła do niego w postaci maila, wysłanego mu przez samego reżysera - Guillermo del Toro, który nie wyobrażał sobie tego projektu bez jego udziału.
Angielskie napisy do filmu zostały przygotowane przez samego Guillermo del Toro. Spowodowane było to faktem, że już kilka razy nie był on zadowolony z tłumaczy, którzy zajmowali się translacją jego wcześniejszych produkcji.
Zdjęcia do filmu kręcono od 11 lipca do 15 października 2005 roku.
Znana piosenkarka, Bjork, była tak podekscytowana filmem, że po powrocie do domu z kina napisała piosenkę "Pneumonia".
Doug Jones podczas zjadania wróżki musiał podobno ugryźć napełnioną sztuczną krwią prezerwatywę.
W filmie przewija się motyw liczby trzy. W filmie głównymi bohaterkami są trzy kobiety, faun ma trzy małe wróżki, Ofelia musi wykonać trzy zadania, w kryjówce Bladego Człowieka Ofelia musi wybrać między trzema piwnicami. Jest to nawiązanie do mitologii, w której bohater musiał zazwyczaj wykonać trzy zadania.